В продолжении культового фантастического боевика действие разворачивается спустя пять лет после событий первой части. В центре сюжета вновь окажутся смелые сотрудники известной крипто-зоологической организации «Монарх». На этот раз специалистам придется столкнуться с новыми опасными чудовищами: жестоким трехглавым драконом Гидором, птеродоном-мутантом Роданом и гигантской кровожадной бабочкой Мотрой. Древние существа угрожают уничтожить все человечество. В ожесточенную схватку с ними вступает гигантский монстр Годзилла, вставший на защиту людей.

Единственным человеком, способным найти с чудовищами общий язык благодаря мощным сонарам, становится палеонтолог доктор Эмма Рассел.
Но разработки Эммы интересуют не только руководство «Монарх», на которое она работает, но и секретной неправительственной организации. У этих ребят явно свои планы на оживших монстров. Они похищают доктора Рассел вместе с дочерью Мэдисон. Бывший муж Эммы объединяет усилия с другими специалистами «Монарха» и начинает миссию по спасению своей семьи.