После событий произошедших ранее в Первой и Второй части Томас узнает о страшном заболевании, которое пустили их враги, чтобы уничтожить и стереть с лица Земли мятежников и саму надежду вместе с ними . Это заболевание называется "Вспышка". Получится ли у Томаса найти лекарство против этой болезни ?